Zeregin honetan jardun baino lehenago, 1514an Ameriketara joandako Castilla del Oro izeneko armadan aritu zen. 1518ko urrian, Ameriketatik itzuli ondoren, Magallanesek tripulazioaren aukeraketaren lana enkargatu zion, besteak beste. 1519ko urtarrilaren 10ean, berriz, Elkano kontratatu zuten.
Janaritegi ontziaren funtzioa betetzen zuen San Antonio ontziaren maisu bezala itsasoratu zen Elorriaga. Amerikara iritsi eta Patagoniako San Julian badian zeudela, 1520ko Aste Santuan, Victoria eta Concepcion ontziak matxinatu ziren. Bi ontzi horien arduradunak San Antonio ontzira joan ziren, bere kontrola hartzeko asmoarekin.
Elorriaga erabaki horren aurka azaldu zenez, sei labankada emanda zauritu zuten. Kapitain matxinatuek kanoiak eta artilleria osoa borrokara prest jartzea agindu zioten Elkanori, eta horrela egin zen; Magallanesek matxinada menderatu zuen. Juan Elgorriaga 1520ko uztailaren 15ean hil zen, zauri horien ondorioz.
Hasieratik, San Antonio ontziko maisu modura soldata jasotzen zuen; armadaren prestaketan, pertsonala kontratatzeagatik eta materiala (otarreak, sareak, oihalak eta abar) erosteagatik egindako lanagatik, hain zuzen. 1519ko otsailetik aurrera, eta espedizioa Sevillatik irten arte, 1.800 marabedi kobratzen zituen, eta gero, soldata igo zioten. Elkanok bezala, sei hilabeteko soldata jaso zuen (18.000 marabedi) aldez aurretik. 1523ko uztailaren 30ean Ana de Elorriagari 15.500 marabedi ordaindu zioten.